占地132亩，建筑面积4.6万平方米，为工业和信息化部认定绿色工厂，药厂建有片剂、滴丸剂、硬胶囊剂、乳膏剂、软膏剂以及冻干粉针剂、小容量注射剂等生产线，公司践行京津冀协同发展，在沧州设立分公司，进行原料药的生产。

北京协和药厂有限公司依托中国医学科学院药物研究所的科研实力，成功开发一系列治疗重大疾病的创新药和仿制药。企业持续加大研发投入，承担国家重大新药创制专项等多项科技和产业化课题，近年授权发明专利40余件，获认定为高新技术企业，北京市技术中心、知识产权示范单位及“专精特新”小巨人企业等资质，数个在研新药处于临床试验阶段。

北京协和药厂有限公司独家生产的抗炎保肝一类化学新药百赛诺(双环醇片)，荣膺国家科学技术进步奖二等奖、北京市科学技术奖一等奖，入选中国医学科学院建院60周年十大科技成就，获得31项指南共识、8个临床路径推荐应用，收入《国家基本医疗保险、工伤保险和生育保险药品目录》、《中国药典》。公司受托生产的双靶点抗艾滋病创新药阿兹夫定，2021年获国家药监局附条件批准上市，协和药厂与河南真实生物达成合作意向，将作为受托方生产该产品。

北京协和制药二厂位于中关村国家自主创新示范区大兴生物医药产业基地永旺路37号院2号楼。占地面积2500平方米，建筑面积6200平方米，2007年入驻园区。

北京协和制药二厂独家生产由药物研究所牵头研发的中药第一类新药人工麝香的关键原料。

北京协和制药二厂依托药物研究所雄厚的创新资源与科研实力，致力治疗重大疾病自主创新药物的研发和转化，药学研究中心获认定北京市级企业科技研究开发机构。药厂处于临床试验阶段的两个抗耐药结核的化学药品第1.1类、一个抗血管性痴呆的中药第5类创新药，获得“重大新药创制”等科技专项支持，有望为广大医患提供更具临床价值的治疗方案。